Fangelsismálastofnun rekur fjögur fangelsi víðs vegar um landið. Þau skiptast í opin og lokuð fangelsi. Fangelsið Hólmsheiði er móttöku-, kvenna- og gæsluvarðhaldsfangelsi. Í fangelsinu starfa að jafnaði um 30 fangaverðir á þrískiptum vöktum, dag-, kvöld- og næturvöktum. Fangelsið skiptist í átta deildir; almennar deildir, gæsluvarðhaldsdeildir og kvennadeildir. Í fangelsinu eru 52 afplánunarpláss og fjögur gæsluvarðhaldspláss fyrir einangrun. Fangelsið Litla-Hrauni er lokað fangelsi. Þar starfa að jafnaði um 85 starfsmenn. Þar eru fangaverðir á þrískiptum vöktum sem sinna almennri fangavörslu og einnig verkstjórar í dagvinnu sem stjórna vinnu og hafa umsjón með verslun og öðrum verkefnum. Ein fangadeildin er rekin sem sérstök meðferðardeild þar sem fer fram vímuefnameðferð undir umsjón meðferðarfulltrúa og sálfræðinga. Fangelsin Kvíabryggju og Fangelsið Sogni eru opin fangelsi. Á Kvíabryggju starfa 14 starfsmenn. Fangar í fangelsinu þurfa að vera tilbúnir til að takast á við vímuefnavanda sinn og taka þátt í endurhæfingaráætlun og stunda vinnu eða nám. Á Sogni starfa samtals 13 starfsmenn. Föngum í fangelsinu er ætlað að stunda vinnu eða nám og þeir þurfa að vera tilbúnir til að taka þátt í þeirri starfsemi sem fer fram í fangelsinu á hverjum tíma með jákvæðu hugarfari.