Í Vatnsendaskóla er lögð rík áhersla á fjölbreytta kennsluhætti og einstaklingsmiðað nám. Áhersla er lögð á umhverfis-, rannsóknar- og vettvangsnám. Gildi skólanámskrár byggjast á virðingu, vináttu, samvinnu og skapandi skólastarfi. Sérstök áhersla er lögð á náttúrufræði og raungreinar og útikennsla er ríkur þáttur í skólastarfinu þar sem skólinn er staðsettur í fallegu umhverfi við Elliðavatn. Í Vatnsendaskóla er litið á hvern árgang sem eina heild. Kennarar árgangsins bera sameiginlega ábyrgð á nemendum og vinna saman að því að skipuleggja nám nemenda. Þetta fyrirkomulag stuðlar að sveigjanleika og býður upp á möguleika að breyta hópum í samræmi við viðfangsefni og aukna samkennslu þar sem það á við. Þannig nýtist styrkur og hæfni starfsfólks nemendum.