Fjarðabyggðarhafnir eru næststærsta höfn landsins, með tæplega þriðjung af öllum vöruútflutningi landsmanna og sú stærsta ef eingöngu er litið til útflutnings ál- og fiskafurða. Hafnarsjóður Fjarðabyggðar stendur straum af öllum rekstri hafna. Hafnarstjórn Fjarðabyggðar hefur umsjón með rekstri og uppbyggingu á athafnasvæðum hafna. Leiðarljós hafnarstjórnar er að viðskiptavinum Fjarðabyggðarhafna sé veit framúrskarandi þjónusta á öllum sviðum hafnarstarfsemi. Hlutverk Fjarðabyggðarhafna er að þjónusta fyrirtæki með hafntengda starfsemi, sjá um samskipti við skip eða umboðsaðila þeirra, framkvæmd hafnsögu, aðstoð með dráttarbát, vigtun sjávarfangs og annað sem fellur undir hafnsækna starfsemi.